Les métabolites lichéniques sont très largement utilisés pour la détermination des espèces. Ils sont notamment à l’origine des colorations obtenues avec les réactifs K, C et P. On peut voir certaines de ces colorations sur le site de l'AFL
Ils sont classés en familles chimiques dont les principales (composés aromatiques) sont visibles en UV sur les CCM:
D’autres composés tels que les acides aliphatiques sont plus difficiles à visualiser.
Enfin, on trouve des composés ubiquitaires : sucres, polyols, terpénoïdes, caroténoïdes, mycosporines……..
Le photobionte (algue ou cyanobactérie) fournit au mycobionte des sucres qui sont utilisés pour la biosynthèse des métabolites secondaires selon trois voies :
Voies de biosynthèse des principaux métabolites lichéniques